Portada única com tímpano liso e duas janelas laterais na seção inferior. A torre central, tem duas sobreposições de fenestras duplas com básculas e vitral com motivos geométricos. A segunda seção já corresponde ao campanário, com guarda-corpo superior e terminação piramidal com cruz na grimpa. As esquinas laterais são terminadas em dois coruchéus com relevo de cruz na base. A capela original, construída em 1763, esteve subordinada até 1810 à Igreja N. Sra da Piedade, de Magé, data em que foi oficializada como Igreja Matriz da Freguesia de Paquetá. Até 1875, todos os sepultamentos na Ilha de Paquetá eram feitos no antigo cemitério de Bom Jesus, necrópole que era só de catacumbas e que ficava ao lado da capela de mesmo nome, mas os restos mortais do fundador da igreja estão enterrados atualmente numa sepultura especial que se encontra no átrio da igreja. 

O prédio atual, em estilo gótico, foi construído em 1900 e desde então passou por várias reformas, das quais pouco sobrou de seu aspecto original, como por exemplo, as colunas de madeira e todo o madeiramento de sustentação do telhado da nave, que assemelha-se com um casco de navio invertido. O espaço destinado ao altar-mór e os seus dois nichos laterais, como os vemos hoje, são acréscimos posteriores a 1900.