A partir de 1747, a Igreja começou a ser construída no mesmo local onde havia um oratório dedicado à Nossa Senhora da Lapa, onde os comerciantes, ou “mercadores”, reuniam-se para rezar. No ano de 1750, foi sagrada e cinco anos depois concluída. Grandes obras de remodelação foram feitas de 1869 a 1872, quando se refez a fachada do templo, construiu-se a torre sineira e completou-se a obra de talha do interior. A fachada da Igreja é constituída, na parte inferior por uma galilé formada por três arcos. A parte superior é o resultado de reformas realizadas a partir de 1869, segundo projeto de Antônio de Pádua e Castro que deu-lhe um aspecto clássico. 

Apresenta-se composta por três grandes janelas, com guarda-corpo de mármore trabalhado, encimados por nichos com estátuas de São Bernardo e Santo Adriano, procedentes de Lisboa. Entre os dois, há um medalhão de mármore trabalhado representando a coroação da Virgem, encontrado em escavações realizadas no terreno. Frontão triangular, com torre de mármore substituindo a original, destruída por uma bala de canhão durante a Revolta da Armada em 1893. A fachada conta ainda com um relógio e, na torre, o mais antigo carrilhão por música da cidade. O plano da nave é oval e da capela-mor retangular, ambas apresentando cúpula com lanternim. A decoração interior foi realizada em dois momentos; numa mais antiga, de fins do século XVIII princípios do XIX, que corresponde ao retábulo da capela-mor e ao arco-cruzeiro, com elementos característicos do rococó. Outro momento, que está compreendido por volta de 1870-1872, relaciona-se às obras de estuque realizadas por Antônio Alves Meira ornamentando as cúpulas da nave e capela-mor e aos trabalhos executados por Antônio de Pádua e Castro para os retábulos da nave, púlpitos e coro. A sacristia é provida de um notável arcaz com oratório, além de um lavabo de mármore e de pinturas no teto. 

No acervo artístico da Irmandade, a par de preciosos objetos de culto, peças de mobiliário e pinturas, destaca-se a imagem da Senhora da Lapa, que se encontra no consistório e que pertenceu ao primitivo oratório público.