Há registros da construção de uma primeira Ermida dedicada a São Roque pela população da Ilha Grande em 1698. Sua fachada atual, fruto de uma reconstrução concluída em 1910/1911, possui torre única com campanário simples e zimbório bulboso com cruz na grimpa. Há quatro pilastras com fuste estriado e capitel jônico no corpo, encimado por entablamento liso e frontão com empenas duplas, acrotério e pináculo nas esquinas. A porta é simples, com tímpano cego e arco pleno com chaveta central. As festas de São Roque, tradicionais na Ilha de Paquetá em 16 de agosto, tinham grande importância no passado, atraindo pessoas de cidades vizinhas e o próprio rei D. João VI e seus cortesãos. 

O soberano se hospedava na casa do oficial de milícias Francisco Gonçalves da Fonseca, na rua dos Muros, passando ali alguns dias, longe das intrigas da Corte. D. Pedro I, José Bonifácio, Evaristo da Veiga e várias outras figuras do Império, apareceram às festas do Santo Mártir. É importante assinalar a atuação da antiga Capela de São Roque durante a Rebelião da Armada em 1893, recebendo os corpos mutilados de marinheiros e oficiais feridos e mortos na contenda política. Paquetá era a base de operações dos rebeldes chefiados pelo Almirante Custódio José de Melo contra o governo do Marechal Floriano Peixoto. O templo não é uma Igreja Matriz, mas uma importante Igreja Histórica da Cidade, estando ligado à Paróquia do Senhor Bom Jesus do Monte.