Com portada única com arcos concêntricos, seguida de sobreverga triangular e óculo central, se prolonga em torre única e bastante verticalizada ao centro, com acrotério em cruz. A região onde se localiza o bairro de São Cristóvão, abrangendo Caju, Benfica, Barro Vermelho, Pedregulho, São Januário, Quinta da Boa Vista até a Leopoldina, Avenida Francisco Bicalho, Avenida Rio de Janeiro e Cais do Porto, era habitada por índios tamoios. Em 1563, os jesuítas conseguiram que os tamoios apoiassem os portugueses na expulsão dos franceses. Dois anos mais tarde, em 1565, ano da fundação da Cidade do Rio de Janeiro, Estácio de Sá, o governador, doou toda a região em sesmaria aos jesuítas, como “Fazenda São Cristóvão”. Em 1627 há registros de que a Igreja já existia. 

Com a expulsão dos jesuítas do Brasil em 1760, por ordem do Marquês de Pombal, a “Fazendo São Cristóvão” foi toda loteada e arrendada. Com isso, a Igreja de São Cristóvão sofreu abandono. Uma das reformas foi realizada por D. Pedro I, a pedido da Marquesa de Santos, que residia no bairro e frequentava esta Igreja. Outra grande reforma aconteceu entre 1891 e 1894. Em 1856, por Decreto Imperial, foi criada a Paróquia de São Cristóvão, desmembrada da Freguesia de São Francisco Xavier do Engenho Velho. Em 1996, foi trocado o telhado. Em 1997, o pároco iniciou uma grande campanha para conseguir reformar a Igreja, que se encontrava em estado precário. No final de 1999, por tais motivos, a Igreja foi interditada. As condições estruturais da Igreja estavam tão precárias que na torre, se o sino fosse tocado, tudo desabaria, segundo o pároco Pe. Francisco Beffa. Na reforma tudo foi posto abaixo e todo o reboco da Igreja trocado. As cúpulas, antes de estuque, foram feitas de cedro com estrutura de metal. Essa reforma se deu graças ao então prefeito, Luiz Paulo Conde. As obras duraram dois anos e a inauguração teve cobertura da imprensa.

Em 2001, D. Euzébio de Araújo Sales, Cardeal Arcebispo, abençoou o altar de mármore. O templo foi elevado à categoria de Igreja Matriz em 1856, com a criação da Paróquia de São Cristóvão.